Famine Brothers-from Cork and Dublin to Massachusetts-many mysteries.

My father and I are taking a genealogy trip in October to Dublin and Cork.  We are trying to see where our ancestor and his brother might have lived in both cities.  The timeline in Ireland starts in Cork in 1839 , leads to Dublin about 1843, a stop in the South Dublin Workhouse 1847 and a voyage to NYC in 1853, ending in Middlesex County, Massachusetts.  The mysteries, were the parents married?, Family lore says surname might not be true surname.  Mother may have stayed behind in Ireland or died there? Father took boys traveling via wagon and camping in woods for a time, then abandoned them in Dublin workhouse, but then took them to NYC before disappearing again.   

Here are the known facts. DNA proves they were brothers.  Barney (Bernand) Dolan born 1839 in Cork, baptized at St. Mary's cork city.  Parents: Michael Dolan and Ellen Lahey (Leahy).  John F. Dolan, born 1843 in Dublin, baptized at St James, Dublin City parents: Michael Dolan and Ellen Lahey.  Brothers in South Dublin workhouse together spring 1847, listed as abandoned by father, Michael.  Discharged April 1847?  Then in Spring 1853, Michael, Barney and John travel together on the ship Agenora from Dublin to NYC arrive May 1853.  As soon as 1855, Barney is living in Massachusetts working in a shoe factory, lived his life there.  John's naturalization papers state he travel a few years (with Michael?) then arrived in same town in MA as brother worked as a shoemaker, but not until 1860, lived his life there.  

No records in the USA for Michael Dolan, family lore says he disappeared.

So, there is a large age difference between the boys, but I have not found other siblings with the same parents.  So, maybe some children died?  Rumor says Ellen either worked in a big house, or was a member of a big house and gave the boys to Michael.

What would have compelled the family to go from Cork to Dublin sometime between 1839 and 1843?  The famine,? both brothers worked in the shoe industry in the USA, did either city in Ireland have a big shoe industry?  Also, there are several years from the time the brothers are in the workhouse, until the family emigrates to the USA, was it common to enter the workhouse for a time and then leave?

We plan on visiting the churches where the brothers were baptized and exploring the neighborhoods around there, any recommendations for places to visit? Or local archives to explore?

thanks.